出口货物退（免）清算工作是出口货物退（免）税管理的一个重要组成部分，是指一个年度（公历1月1日至12月31日）终了后三个月内，主管出口货物退（免）税管理办法的规定，对出口企业在上一年度出口货物退（免）税情况进行一次全面、系统的重新审核、计算、清理和检查。
    出口企业应对本企业上年度应退（免）税而未退（免）税结转本年度并且尚未正式申报的税款在规定期限内进行备案申报；对出口企业未按时进行清算申报或未列入清算备案表的出口货物，主管税务机关不再受理其退（免）税申报。
    根据国际税务总局颁布的出口货物退（免）税清算管理办法和对2002年度清算工作的通知要求，2003年上半年，北京市国税局完成了2002年度出口货物退（免）税清算工作。从总体情况看，北京市出口企业和负责出口货物退（免）税管理的机关，都能够按照国际税务总局和北京市国税局出口货物退（免）税的要求，认真、按时完成清算工作。2002年度国家税务总局颁布的出口货物退（免）税清算管理政策与往年相比有所不同，说明如下：
    2002年度国家税务总局颁布的出口货物退（免）税清算管理政策与往年相比有所变化
    （一）国家税务总局对2002年度出口货物退（免）税清算重新修改了清算用表，一是简化了一些表格；二是增加了大中型企业和特殊政策退（免）税清算表；三是对相关内容的统计进行了调整，比如，在清算表中取消了清算期办理退（免）税的概念，只统计“本年国库已办理退（免）税额”和“申报未退（免）税额”，并按“审核通过未办退（免）税额”及“未审核或审核未通过退（免）税额”统计结转至下一年度的退（免）税等。
    （二）2002年，财政部、国家税务总局下发了《财政部、国家税务总局关于进一步推进出口货物实行“免、抵、退”税办法的通知》，北京市国税局根据该通知和《国家税务总局关于印发<生产企业出口货物“免、抵、退”税管理操作规程>（试行）的通知》，于2002年4月份开始，按照新的“免、抵、退”税管理操作办法执行。新的“免、抵、退”税管理操作办法规定，生产企业“免、抵、退”税的申报时间及税务机关的审核时间均改为按月申报和审核。在“免、抵、退”税的政策和操作规程方面，新的“免、抵、退”税管理办法也作了一些调整，比如，明确规定对于出口企业超过6个月未收齐单证和相关信息或未向税务机关申报的，要按规定计算征税等等。因此，作为实行新的“免、抵、退”税管理操作办法后的第一年，出口货物退（免）税清算办法做一些相应的改变是极为必须和必要的。同时，对生产企业出口货物“免、抵、退”税的清算，一直是清算工作的重要组成部分，也是2003年对2002年度出口货物退（免）税清算的重点，为此，国家税务总局在关于做好2002年度出口货物退（免）税清算工作的通知中，对2002年度生产企业出口货物“免、抵、退”税的清算办法作出新的规定。